Os acontecimentos em Stargate Atlantis seguem-se ao episódio final Lost City da sétima temporada de Stargate SG-1, no qual a equipe SG-1 encontrou um posto avançado na Antártida construído por uma raça conhecida como os Antigos. Com os desdobramentos em New Order, episódio inicial da oitava temporada de Stargate SG-1, o Comando do Stargate envia uma equipe internacional para investigar o posto. O Dr. Jackson descobre a localização da mais grandiosa cidade criada pelos Antigos: Atlântida. A nova série acompanha as aventuras de um grupo de cientistas e militares que embarcam numa viagem sem volta para aquela cidade, na Galáxia Pégasus. Da mesma maneira que as equipes SG de Stargate SG-1, o uso, pela nova equipe, do Stargate coloca a humanidade em contacto com outras culturas, algumas humanas, outras alienígenas, algumas amigáveis, outras profundamente hostis, como os Wraith.
Uma nova equipe Stargate, liderada pela Dra. Elizabeth Weir (Torri Higginson), embarca numa missão perigosa numa galáxia distante, onde descobre a cidade perdida de Atlantis – e um novo e mortal inimigo que se alimenta do medo humano.
Uma nova equipe Stargate, liderada pela Dra. Elizabeth Weir (Torri Higginson), embarca numa missão perigosa numa galáxia distante, onde descobre a mítica cidade perdida de Atlantis – e um novo e mortal inimigo.
Atlantis é ameaçada quando uma entidade alienígena é libertada por engano. As experiências de McKay com tecnologia alienígena não trazem bons resultados.
Sheppard e seu grupo chegam a um planeta totalmente habitado por crianças. Elas acreditam que sua religião conseguiu manter os Wraith afastados por quinhentos anos.
A equipe encontra um mundo que seria o local ideal para aqueles que fogem dos Wraith. No entanto, os habitantes deste paraíso acreditam que seu Deus não permitirá que isso aconteça.
Uma mulher é encontrada em animação suspensa em Atlantis. A equipe fica chocada ao constatar tratar-se da Dra. Weir, que conta ao grupo sobre sua viagem de 10 mil anos ao passado da cidade.
A equipe parte em busca de um valioso equipamento que supostamente, está escondido no planeta Dagan. No entanto, seus novos aliados têm suas próprias razões para apanhar o objeto.
Quando pesadelos terríveis sobre os wraiths atormentam Teyla, ela vai se aconselhar com o psicólogo da cidade, e descobre que ela pode "sentir" os wraiths. Determinada a descobrir mais sobre essa sua característica, ela lidera uma pequena equipe em missão a um planeta, no qual as vítimas dos wraiths retornam "miraculosamente". Lá, eles descobrem o que parece ser um laboratório de estudos genéticos. Será que a ligação de Teyla com os wraiths é resultado de experiências genéticas?
Um esquadrão Wraith está a caminho de Atlantis. A equipe procura um lugar para escapar e uma maneira de destruir a cidade. Mckay lidera uma equipe para tentar ativar a plataforma orbital de armas dos Antigos.