Sete anos após a humanidade ter sido devastada por um grande desastre, um farol da ciência e de prosperidade surge na cidade de Kamitsubaki. Mas se espreitado nas sombras estão os Tesseractors, monstros nascidos das trevas dos humanos. Apenas as Witchling, cinco garotas com vozes dotadas de magia, podem se opor a eles. A cada nota, elas lutam, não apenas para proteger a paz na cidade, mas também para curar um mundo machucado.